Stipendijní program je způsob, jak se přiznávají mimořádná stipendia z vlastního podnětu rektora, děkana nebo ředitele.
Bližší podrobnosti týkající se stipendijních programů včetně souvisejících organizačních a administrativních opatření upravuje Pokyn rektora k zabezpečení jednotného postupu při použití prostředků stipendijního fondu na stipendia na univerzitě, v platném znění.
Je administrováno podle vyhlašovatele - pokud jde o stipendijní program rektora, potom rektorátním pracovištěm, jinak příslušnou součástí.
Aktuálně vyhlášené Stipendijní programy rektora